帶證二級生物安全柜可保護工作人員和環境而不保護樣品。氣流原理和實驗室通風櫥一樣，不同之處在于排氣口安裝有HEPA過濾器。所有類型的生物安全柜都在排氣和進氣口使用HEPA過濾器。

 

    從帶證二級生物安全柜前臉的開口流入柜內的氣流速度約為0.45米/秒。以這一風速，柜內單向流的一致性易受干擾，很容易被安全柜附近人員的走動、開窗、送風配風器、門的開關所干擾。按理想的布置，應放在遠離活動及可能有干擾氣流的地方。應盡量在安全柜的后側及兩側留下30厘米的空間，便于維護作業。柜子上方則留下30～35厘米的高度，以便對排風過濾器的風速進行測量，并為排風過濾器的換留下足夠空間。