未來對于肝實質(zhì)細胞去分化的研究可以綜合運用轉(zhuǎn)錄組學、蛋白質(zhì)組學、代謝組學和其他組學方法，提供關(guān)于肝實質(zhì)細胞的了解，提供更客觀的分析結(jié)果。本研究比較了肝實質(zhì)細胞的單獨培養(yǎng)和共培養(yǎng)，開發(fā)出細胞培養(yǎng)-TFs 快速鑒定模型。該模型可以有效獲得肝實質(zhì)細胞體外培養(yǎng) TFs 表達譜，并對其進行初步分析，發(fā)現(xiàn)與非實質(zhì)細胞共培養(yǎng)可以改善實質(zhì)細胞生存環(huán)境并延緩肝實質(zhì)細胞代謝的下調(diào)。在兩種培養(yǎng)系統(tǒng)中表達上調(diào)的 TFs 和細胞增殖、免疫、死亡等過程相關(guān)，而下調(diào)的 TFs 則與代謝過程相關(guān)。未來這一模型可以為探究肝實質(zhì)細胞去分化機制提供更多的證據(jù)，共培養(yǎng)系統(tǒng)可以幫助我們了解各種細胞之間的相互作用。
大規(guī)模監(jiān)測這些轉(zhuǎn)錄因子的動態(tài)變化有助于進一步了解肝實質(zhì)細胞體外去分化過程。應(yīng)激誘導細胞存活通路的上調(diào)在肝實質(zhì)細胞損傷和功能丟失過程中起重要作用，比如 MEK/ERK 和 NF-κB 途徑對肝實質(zhì)細胞表型起負調(diào)控作用。因此在培養(yǎng)過程中的所有階段，特別是在肝細胞分離過程中，減少細胞應(yīng)激反應(yīng)可能是體外維持細胞活性和肝實質(zhì)細胞表型的可行的方法。本研究中得到的一些結(jié)果可能對于單層培養(yǎng)系統(tǒng)是特異的，但使用這樣簡單的系統(tǒng)可以幫助我們鑒定已知的和未知的去分化機制，了解肝實質(zhì)細胞去分化過程。
在小鼠灌流過程中，肝臟會出現(xiàn)缺血再灌注 (Ischemia reperfusion，I/R) 損傷，TNF-α 誘導活性氧的產(chǎn)生進一步促進轉(zhuǎn)錄因子 NF-κB 的活化，NF-κB 通路被激活，進而增強 NF-κB 介導的 BCL-2 家族成員比如 BAK、BAX 和 BAD 的轉(zhuǎn)錄過程，導致細胞在培養(yǎng)過程中趨向凋亡。整體將差異顯著的 TFs 進行功能聚類，發(fā)現(xiàn)共培養(yǎng)可以延緩代謝的失調(diào)。我們也鑒定到另外一些和代謝、增殖相關(guān)的重要的轉(zhuǎn)錄因子，如 HNF-1α、CEBPα、 E2F3、RB1 等。
肝原代細胞體外培養(yǎng)會下調(diào)重要的LETF蛋白水平，例如HNF-1α 和 HNF-4α，其控制許多物動力學過程和肝實質(zhì)細胞特有的其他特征。 HNF-4α 是在肝臟里面表達很豐富的TF，參與調(diào)控脂肪酸氧化、載脂蛋白代謝、葡萄糖代謝、氨基酸代謝、血液凝結(jié)等。
對單獨培養(yǎng)和共培養(yǎng)的肝實質(zhì)細胞TFs進行富集鑒定，發(fā)現(xiàn)0h鑒定到的TFs相對于其他時間點偏少，原因可能是正常的肝實質(zhì)細胞存在較多的高豐度蛋白 (比如白蛋白)，導致一些低豐度的TFs檢測不到。另外相對于0h，對其他時間點多出的TFs進行功能聚類分析發(fā)現(xiàn)，這些TFs顯著富集到MAPK、細胞周期、NF-κB 通路上。另外共培養(yǎng)在 24 h 和 48 h 鑒定到的TFs多于單獨培養(yǎng)，至于確切原因還不清楚，需要進一步探索。
我們在 TFRE 方法的基礎(chǔ)上，開發(fā)出可以富集微量樣品中 TFs 的TOT方法。這種方法允許提取培養(yǎng)在6孔板中細胞的TFs，解決樣品量少的問題，提高了實驗通量。體外 TOT 富集聯(lián)合質(zhì)譜鑒定能在很短時間內(nèi)獲取TFs表達譜。從樣品制備到數(shù)據(jù)采集整個過程可以在3 h內(nèi)完成，其中包含大約1h的質(zhì)譜檢測時間。由于實驗都是在TOT和離心機中進行，所以可以一次處理多個樣品。TOT目前可以有效獲得內(nèi)源性TFs 表達譜，相信以后隨著技術(shù)的改善，會有越來越多的TFs被鑒定到。同時我們構(gòu)建肝細胞的單獨培養(yǎng)和共培養(yǎng)系統(tǒng)，初步探究了非實質(zhì)細胞在體外培養(yǎng)過程中對實質(zhì)細胞的作用，非實質(zhì)細胞的存在可以改善實質(zhì)細胞的存活和形態(tài)。
肝實質(zhì)細胞在體外培養(yǎng)過程中會大量死亡，導致只能獲得少量的肝實質(zhì)細胞，TFs 在細胞內(nèi)屬于低豐度蛋白，監(jiān)測 TFs 在細胞內(nèi)蛋白水平上的動態(tài)變化變得非常困難。
3-羥基-3-甲基戊二酰輔酶A合酶1(HMGCS1)ELISA試劑盒 ，英文名： HMGCS1 ELISA Kit
3-葡萄糖苷酸孕二醇(PdG)ELISA試劑盒 ，英文名： PdG ELISA Kit
28S抗核糖體抗體(28S rRNP)ELISA試劑盒 ，英文名： 28S rRNP ELISA Kit
26S蛋白酶體非ATP酶調(diào)節(jié)亞基11(PSMD11)ELISA試劑盒 ，英文名： PSMD11 ELISA Kit
26S蛋白酶體(26S PSM)ELISA試劑盒 ，英文名： 26S PSM ELISA Kit
25羥基維生素D3(25(OH)D3/25 HVD3)ELISA試劑盒 ，英文名： 25(OH)D3/25 HVD3 ELISA Kit
25羥基維生素D3(25 HVD3)ELISA試劑盒 ，英文名： 25 HVD3 ELISA Kit
25羥基維生素D2(25 HVD2)ELISA試劑盒 ，英文名： 25 HVD2 ELISA Kit
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2，3-二磷酸甘油酸(2，3-DPG)ELISA試劑盒 ，英文名： 2，3-DPG ELISA Kit
2，3－二磷酸甘油酸(2,3-DPG)ELISA試劑盒 ，英文名： 2,3-DPG ELISA Kit
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2,3Dinor血栓烷B2(2,3-dinor-TXB2)ELISA試劑盒 ，英文名： 2,3-dinor-TXB2 ELISA Kit
2 型次黃嘌呤核苷酸脫氫酶(IMPDH)(IMPDH2)ELISA試劑盒 ，英文名： IMPDH2 ELISA Kit
1型1-磷酸鞘氨醇受體(S1P1)ELISA試劑盒 ，英文名： S1P1 ELISA Kit
17酮皮質(zhì)類固醇(17-KS)ELISA試劑盒 ，英文名： 17-KS ELISA Kit
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14-3-3 蛋白 beta/alpha(YWHAB)ELISA試劑盒 ，英文名： YWHAB ELISA Kit
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