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別到處問了,這才是PCR參數的正確設置

發布時間:2019-07-08瀏覽次數:8959返回列表

    大家經常談起熒光PCR分析參數設置與結果的關系、乙肝低值質控品濃度的選擇及依據,質控品CV值的確定等問題。這些問題多是大家熟悉但并沒有深究,在日常工作中多沒有合理使用,今天和大家討論如下,希望對實驗室的質量提升有所幫助。
    基線起點和終點的選擇
    基線(Baseline)是指在PCR擴增的初數個循環里,熒光信號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即為基線。不同熒光PCR試劑盒由于其敏感性不同,基線起點和終點的設置也不同。對于性能的熒光PCR試劑盒,只需要確定基線的終點,即在早PCR擴增曲線起點前一個循環作為終點,起點在終點前間隔一個以上的循環選擇即可,這樣的分析結果是穩定的。由于PCR干擾物質的影響或試劑盒抗干擾性能的差異,有的試劑盒擴增曲線,在S型擴增前出現曲線下陷或曲線上揚的情況。這時需要對該樣本曲線進行個性化分析,或對該樣本重新檢測。基線的選擇常常與其它分析參數具有聯動性,不同PCR擴增儀的基線確定也有不同。
    熒光閾值的選擇
    熒光閾值應設在PCR指數擴增的起始,并高于陰性對照曲線。其數值選擇與試劑盒的性能有關,對熒光強度較高的擴增曲線,閾值的設定不一定非要遵循固定的原則,基線確定后,閾值幾乎可以隨機選擇或直接使用儀器默認的閾值;如果試劑盒的熒光擴增強度較弱,出現核酸含量較低的樣本擴增曲線熒光值較低,這時閾值的選擇對低值樣本的定量結果影響較大(下圖)。因此,針對試劑盒性能不同,實驗室應建立自己的閾值范圍,盡可能保證低值樣本檢測結果的穩定性。
    斜率
    試劑盒的標準曲線一般由4個間隔10倍或100倍梯度濃度的標準品擬合而成。標準品的濃度是由企業參考品或參考品定值溯源而來,標準品的理論檢測值和實際檢測值進行線性擬合,其理論斜率是3.32,但實際工作中,試劑盒的實際斜率經常出現高于3.32或低于3.32的情況。
    主要有以下兩個原因:
    (1)PCR試劑的擴增效率不是(偏高或偏低),通常情況是擴增效率低于,常見的原因是酶的活性不足、引物探針欠合理或反應液非佳條件,導致實際擴增CT值比理論值滯后,這時斜率會大于3.32。
    (2)試劑盒的標準品溯源定值不準確。4個標準品的賦值是按照10倍或100倍的理論值確定,但實際配制濃度存在逐漸偏高或偏低的情況,或標準品在保存過程中出現不均一的降解,出現本來按照10倍稀釋的標準品,實際測定值似乎是按照11倍進行稀釋的情況。當然也存在按照9倍稀釋的斜率。
    在實際工作中,斜率發生偏倚,
    是否需要調整?調整的標準是什么?
    先要判斷斜率偏倚的原因,對準確進行10倍稀釋的核酸或陽性樣本,采用性能確定的試劑盒進行擴增,如果實測標準品的斜率大于3.32,說明試劑盒的擴增效率低于,如果斜率超過3.6,說明試劑盒的質量存在問題,理應換,此時進行斜率調整并不能解決問題。
    如果是因操作誤差或試劑盒標準品降解等因素導致的斜率偏倚,可以參照實驗室的室內質控品進行個別調整,如果斜率能控制在3.20~3.6之間,實際檢測結果的變化不會對臨床報告的準確性產生明顯影響。因操作不當導致斜率偏倚,在結果分析中調整斜率,是十分必要的事情,但要依據明確,不能一概而論全部進行調整。
    斜率低于3.0或高于3.6均導致高濃度和低濃度樣本的報告值發生較大偏斜。因此,使用斜率控制檢測質量,是每個實驗室都應重視的方面。
    擴增效率的計算
    經常我們看到有的PCR擴增儀器有擴增效率的參數,但在實際工作中大多不為人知或去科學使用。我們知道,PCR的原理是指數擴增,每擴增一個循環,核酸的量增加一倍,即呈2的n次方,熒光曲線之間的間距由等式“2的n次方=稀釋倍數”決定。
    這里的n是標準曲線之間的CT值,如果標準曲線之間的稀釋倍數是10倍,那么2的n次方=10,因此n=3.32,即10倍稀釋的PCR擴增效率理論值為間隔3.32個CT值,也是4個標準品形成的斜率值。
    有的PCR擴增儀用百分率表示擴增效率,即每個循環有效擴增模板的百分率,擴增效率%=(E-1)×,理想的擴增效率是:擴增效率(%)=(2-1)×=。
    例如,如果標準品的斜率是3.5,那么E=10的(1/-3.5)次方=1.931, 擴增效率(%)=(1.931-1)×=93.1%,每個循環的終點,擴增子的拷貝數每個循環增加1.931倍,或93.1%的模板被擴增。
    擴增效率的應用
    擴增效率超越90~105%范圍的影響因素有許多,如果擴增效率下降,常見原因是擴增試劑盒里的引物和探針設計不當,導致與模板的匹配效率較低。實驗室經常采用這種方式檢驗所用試劑盒的質量。如果檢測試劑盒標準品的擴增效率超過,很可能是標準品稀釋倍數存在問題,即本應10倍稀釋的標準品,實際進行了不足10倍的稀釋,當然也存在標準品穩定性較差的情況,這都將導致低值樣本的假性升高。
    關于室內質控品的選擇及CV值
    室內質控是評價或發現一個實驗室檢測穩定性的主要方式,質控品可以來自購買商品,也可以自行制作,但都應確定自身穩定性是否良好。稀釋介質決定了質控品的穩定性,這是讓許多企業和實驗室頭疼的問題,其實無論DNA樣本還是RNA樣本,配制一個穩定性良好的介質并不困難。
    還有質控品的數量和濃度的擇,無論是否有文件規定,選擇一個低值樣本進行室內質控是完全科學可行的,因為中、高濃度的室內質控品,尤其是高于試劑盒定量限3個數量級以上的室內質控品,對質量控制幾乎沒有任何意義。
    低值室內質控品的濃度可以根據試劑盒的定量限來確定,對自信度比較高的實驗室,完全可以選擇試劑盒定量限10倍的樣本作為室內質控品,也可以采用定量限20倍的樣本。例如,如果試劑盒的定量限為20IU/mL, 質控品的濃度選擇為200 IU/mL~400 IU/mL。至于CV值,自然應該符合<5%的要求。













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