1.用蒸餾水將制膠模具和梳子沖洗干凈，放在制膠平板上，封閉模具邊緣，架好梳子；

2.根據欲分離DNA片段大小用凝膠緩沖液配制適宜濃度的瓊脂糖凝膠：準確稱量瓊脂糖干粉，加入到配膠用的三角燒瓶內，定量加入電泳緩沖液（一般20~30 ml）；

3.放入到微波爐內加熱熔化。冷卻片刻，加入一滴熒光染料，輕輕旋轉以充分混勻凝膠溶液，倒入電泳槽中，待其凝固；

4.室溫下30~45分鐘后凝膠完全凝結，小心拔出梳子，將凝膠安放在電泳槽內；

5.向電泳槽中倒入電泳緩沖液，其量以沒過膠面1mm為宜，如樣品孔內有氣泡，應設法除去；

6.在DNA樣品中加入10×體積的載樣緩沖液（loading buffer），混勻后，用槍將樣品混合液緩慢加入被浸沒的凝膠加樣孔內；

7.接通電源，紅色為正，黑色為負，切記DNA樣品由負往正泳動 (靠近加樣孔的一端為負)。一般60～100V電壓，電泳20～40min即可；

8. 根據指示劑泳動的位置，判斷是否終止電泳；

9.電泳完畢，關上電源，在凝膠成像儀上觀察電泳帶及其位置，并與核酸分子量標準Marker比較被擴增產物的大小。