WH0206 單索引接頭(Illumina)

產品簡介
單索引接頭(Illumina)由專業試劑供應商北京百奧萊博提供,用于科研試驗,單索引接頭(Illumina)是我司眾多優質基因結構和功能之一,質量堪比同類進口產品,價格非常優惠,目前正熱烈促銷中,恭候您的咨詢訂購。...
產品詳細介紹
特別提示:包括單索引接頭(Illumina)在內,本公司的所有產品僅可用于科研實驗,嚴禁用于臨床醫療及其他非科研用途!
產品名稱:單索引接頭(Illumina)
英文名稱:Single-Indexed Adapter
產品貨號:WH0206
產品規格:12×40μl|12×40μl|24×40μl
本制品是專門針對于illimina高通量測序平臺所開發的DNA接頭。可用于illimina高通量測序平臺下DNA和RNA文庫的構建。試劑盒分為12種接頭和24種接頭兩種形式,每種接頭均含有的6堿基index序列(barcode),以便于在多樣品混合測序時進行不同樣品的區分。
本制品提供的接頭濃度為30μM,操作時的用法隨著建庫所用試劑盒、初始DNA處理量和DNA片段大小的不同而不同,具體信息請參考使用方法。另外,24種接頭的Index序列詳見接頭序列信息部分。
產品特點:
·選擇方便:分為setA和SetB兩組提供24種單Index標記,可根據需求自由選擇。
·使用方便:試劑盒中配備接頭稀釋液,穩定性強,直接用于接頭溶液稀釋。
·質量控制:批次間經嚴格質量控制和功能驗證,保證index序列準確性。
適用范圍:
1.本產品在二代測序(NGS)應用中,用于illimina高通量測序平臺下DNA和RNA文庫的構建;
2.本產品的具體應用包括:外顯子測序,靶向測序,RNA-Seq,ChIP-Seq,以及定向測序和全基因組測序;
3.需要注意的是,本產品不適用于Illumina HiSeq XTM儀器及與甲基化相關的測序。
產品組成:
| 組分 | WH0206-A | WH0206-B | WH0206-AB | |
| Single-Indexed Adapter(30μM) | 12×40μl | 12×40μl | 24×40μl | |
| Adapter Dilution Buffer | 5×1.8ml | 5×1.8ml | 10×1.8ml |
保存條件:-25℃~-15℃下保存,保質期一年。
Adapter Dilution Buffer成分:10mM Tris-HCl,10mM NaCl,1mM EDTA,pH8.0~8.5@25℃。
注意事項:(請務必在使用本試劑盒之前閱讀此注意事項)
1.使用過程中,建議將BaiSeq Single-Indexed Adapter置于冰上或冰盒中,而不要置于25℃以上的環境中,以免破壞接頭的結構;
2.如需對接頭進行稀釋,請使用試劑盒自帶的Adapter Dilution Buffer,而不要使用超純水或者其他Buffer;
3.稀釋后的接頭zuì好在一天內用完,不建議將稀釋后的接頭長期保存或反復凍融;
4.實驗耗材應保證無核酸酶和核酸污染,并盡量選擇低核酸吸附性的耗材進行實驗。另外,在實驗過程中要注意避免接頭之間的交叉污染。
兼容我司文庫構建產品:
1.DNA Library DirectFast Co
2.DNA Library Fast Co
3.DNA Library Co
操作步驟:
1.如果穩定Single-Indexed Adapter在連接體系中的加入量為5 μl的前提下,那么根據初始DNA處理量和DNA片段大小的不同,接頭的工作液濃度如下表所示:
| DNA處理量 | 不同片段大小下的工作液濃度 |
Adaper:Insert (摩爾比) | ||
| 200bp | 300bp | 400bp | ||
| 1μg | 15μM | 10μM | 7.5μM | 10:1 |
| 500ng | 19μM | 12.5μM | 9.5μM | 25:1 |
| 250ng | 15μM | 10μM | 7.5μM | 40:1 |
| 100ng | 15μM | 10μM | 7.5μM | 100:1 |
| 50ng | 15μM | 10μM | 7.5μM | 200:1 |
| 25ng | 7.5μM | 5μM | 3.75μM | 200:1 |
| 10ng | 3μM | 2μM | 1.5μM | 200:1 |
| 5ng | 1.5μM | 1μM | 750nM | 200:1 |
| 2.5ng | 750nM | 500nM | 375nM | 200:1 |
| 1ng | 300nM | 200nM | 150nM | 200:1 |
| 0.25ng | 75nM | 50nM | 37.5nM | 200:1 |
2.使用我公司相關文庫構建產品時(WH0203,WH0204和WH0200),根據相關產品的DNA處理量范圍,按上表進行接頭母液的稀釋。
3.當使用其他公司文庫構建產品時,若DNA處理量大于1μg,則按接頭與插入片段摩爾比10:1的標準進行接頭稀釋;若DNA處理量小于0.25ng,則按接頭與插入片段摩爾比200:1的標準進行接頭稀釋;而處理DNA的摩爾數按以下公式進行計算:

4.當處理DNA片段大小在表中也沒有體現的情況下,處理DNA的摩爾數也按上述公式進行計算。
接頭序列信息
本產品接頭序列包括如下信息:
1.Universal Sequence
5"-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT-3′
2.Index Including Sequence
5"-GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC[index1-27]ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG-3"
3.Index編號和序列
| WH0206-A | WH0206-B | ||
| Index | Sequence | Index | Sequence |
| 1 | ATCACG | 13 | AGTCAA |
| 2 | CGATGT | 14 | AGTTCC |
| 3 | TTAGGC | 15 | ATGTCA |
| 4 | TGACCA | 16 | CCGTCC |
| 5 | ACAGTG | 18 | GTCCGC |
| 6 | GCCAAT | 19 | GTGAAA |
| 7 | CAGATC | 20 | GTGGCC |
| 8 | ACTTGA | 21 | GTTTCG |
| 9 | GATCAG | 22 | CGTACG |
| 10 | TAGCTT | 23 | GAGTGG |
| 11 | GGCTAC | 25 | ACTGAT |
| 12 | CTTGTA | 27 | ATTCCT |
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名稱:Actinin/Skeltal Muscle mRNA原位雜交試劑盒
貨號:ZN0019
規格:100T
基本信息:
保存條件:4℃保存一年
工作量:100張切片。
有效期:一年。
適用種屬:human,rat,mouse
標記方式:3’—尾段標記
試劑盒中內容:
1.胃蛋白酶(×10; Pepsin)2ml;
2.預雜交液 2ml;
3.Actinin/Skeltal Muscle mRNA原位雜交試劑盒寡核苷酸探針雜交液 2ml;
4.封閉液 5ml;
5.生物素化鼠抗地高xīn 5ml;
6.SABC-POD 5ml;
7.生物素化過氧化物酶 5ml。
用戶自備試劑:
原位雜交專用蓋玻片;POLY-L-LYSINE;DEPC;20%甘油
緩沖液(3%檸檬酸,2×SSC,0.5×SSC,0.2×SSC,原位雜交用 PBS)
一.培養細胞和冰凍切片
準備工作:
固定液:4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6);1%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6)
3%檸檬酸——100ml蒸餾水中加檸檬酸(C6H8O7?H2O)3g,PH2.0左右。
2×SSC——1000ml蒸餾水中加氯化鈉17.6g,檸檬酸三鈉(C6H5O7Na3?2H2O,分子量294)8.8g。
0.5×SSC——300ml蒸餾水加100ml 2×SSC即可。
0.2×SSC——270ml蒸餾水加30ml 2×SSC即可。
20%甘油——20ml甘油加80ml蒸餾水即可。
原位雜交用PBS(1000ml蒸餾水加氯化鈉30g,Na2HPO4?12H2O 6g,NaH2PO4?2H2O 0.4g),PH7.2-7.6。
操作程序:
注意:zuì重要的是及時固定,并在固定液中加入0.1%的DEPC處理,以抑制RNA酶對mRNA的分解作用。此外,過度固定對原位雜交有明顯的不利影響。
1.玻片的處理:一般采用多聚賴氨酸或APES。切片厚度10-20μm。
2.細胞在多聚賴氨酸處理的蓋玻片上進行培養,條件為37℃和5%的CO2,所用培養基為Dulbecco基礎培養基。細胞長好后0.1M PBS(PH7.4)洗2分鐘×3次。
3.培養細胞和冰凍切片均可用下述方法固定:固定液為4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6),含有1/1000 DEPC。室溫固定 20--30分鐘。蒸餾水充分洗滌,干燥后-20℃冰凍可保存2周以上。
4.30%H2O2 1份+純甲醇50份混合,室溫處理30分鐘。蒸餾水洗滌3次。
5.暴露mRNA核酸片段:切片上滴加3%檸檬酸新鮮稀釋的胃蛋白酶(1ml 3% 檸檬酸加2滴濃縮型胃蛋白酶,混勻),37℃或室溫消化5—120秒鐘。有時也可以不消化。原位雜交用 PBS洗3次×5分鐘。蒸餾水洗1次。
6.后固定:胃蛋白酶消化后才需要。固定液為1%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.2-7.6),含有1/1000 DEPC。室溫固定 10分鐘。蒸餾水洗滌3次。
7.預雜交:濕盒的準備——干的雜交盒底部加20%甘油20ml以保持濕度。按每張切片20μι加預雜交液。恒溫箱38-42℃2—4小時。吸取多余液體,不洗。
8.雜交——按每張切片20μι雜交液,加在切片上。將原位雜交專用蓋玻片的保護膜揭開后,蓋在切片上。恒溫箱38-42℃雜交過夜(根據雜交情況可以調節)。
9.雜交后洗滌:揭掉蓋玻片,37℃左右水溫的2×SSC洗滌5分鐘×2次;37℃0.5×SSC洗滌15分鐘×1次; 37℃0.2×SSC洗滌15分鐘×1次(如果有非特異性染色,重復0.2×SSC洗滌15分鐘×1-2次)。
10.滴加封閉液:37℃30分鐘。甩去多余液體,不洗
11.滴加生物素化鼠抗地高xīn:37℃ 60分鐘或室溫120分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×4次。勿用其它緩沖液和蒸餾水洗滌。
12.滴加SABC:37℃20分鐘或室溫30分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×3次。勿用其它緩沖液和蒸餾水洗滌。
13.滴加生物素化過氧化物酶:37℃20分鐘或室溫30分鐘。原位雜交用PBS洗5分鐘×4次。
14.DAB顯色:使用DAB顯色試劑盒—1ml蒸餾水加顯色劑A,B,C各一滴,混勻,加至標本上。一般顯色20-30分鐘。若無背景出現則可繼續顯色。也可自配DAB顯色劑后顯色。充分水洗。
15.必要時蘇木素復染,充分水洗。
16.酒精脫水,二甲苯透明,封片。
二.石蠟切片
如果有條件的話,應盡可能地采用新鮮標本。標本離體后,及時予以固定。固定液為4%多聚甲醛/0.1 M PBS(PH7.0-7.6),含有1/1000 DEPC。標本較大時用刀片切成厚度不超過4mm的小塊,固定1小時即可,較大的標本固定不要超過2小時。某些組織對過度固定尤其敏感,如動物大腦,固定時間30-40分鐘,一般不要超過1小時。
1.常規脫水、浸蠟、包埋。切片厚度6-8μm。
2.玻片的處理:一般采用多聚賴氨酸或APES。
3.石蠟切片經常規脫蠟至水。30%H2O2 1份+蒸餾水10份混合,室溫5-10分鐘以滅活內源性酶。蒸餾水洗3次。
4.暴露mRNA核酸片段:切片上滴加3%檸檬酸新鮮稀釋的胃蛋白酶(1ml 3% 檸檬酸加2滴濃縮型胃蛋白酶,混勻),37℃或室溫消化3--30分鐘(視標本新舊、厚薄自行調整)。用戶可以比較不同的消化時間,例如5分鐘,10分鐘,20分鐘,30分鐘。以找到zuì佳的消化時間。原位雜交用PBS洗3次×5分鐘。蒸餾水洗1次。其余步驟和冰凍切片6-16步相同。
結果觀察:
Actinin/Skeltal的細胞胞漿著色呈棕黃色。
注意事項:
由于特定的mRNA序列僅占總mRNA的少數,加上基因僅由四個堿基排列組合而成,因此原位雜交容易出現非特異性染色。通過不加探針和用陰性標本做對照,基本可以確定染色是否為特異性的。有明顯的非特異性染色現象時,用預雜交液對含探針的雜交液進行稀釋,一般稀釋2—10倍;并應加強探針雜交后的洗滌。如果有少量的細胞核著色屬于正常情況;如果出現大量的細胞核著色,往往和標本固定時間過長有關,應重新處理標本。
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